質譜分析儀是一種測量離子質荷比（質量-電荷比）的分析方法，其基本原理是使試樣中各組分在離子源中發生電離，生成不同荷質比的帶電荷的離子，經加速電場的作用，形成離子束，進入質量分析器。

　　傳統的致病微生物檢測大多采用微生物培養、生物化學和分子生物學的方法檢測，不僅分析周期長而且沒有明確的種群分型標準，往往造成分析結果的滯后和種類分型的誤判。

　　據估計，在臨床實驗室中僅在鏈球菌的分類中，就有高達13%的辨別錯誤。近年來，質譜技術在微生物檢驗方面的應用越來越多，這主要得益于其得天獨厚的優勢：

　　(1)可用于多種微生物樣本，如痰液、血液、尿液、腦脊液和胸腹腔積液以及經過培養的樣本;

　　(2)可用于幾乎所有類型的病原體鑒定和分類檢測，如細菌、真菌及其孢子、病du、寄生蟲等;

　　(3)可對病原的多種成分進行分析，包括蛋白質、脂質、脂多糖、脂寡糖、DNA、多肽及其他可被離子化的分子;

　　(4)檢測速度快，例如一個病原微生物的質譜檢定實驗，包括樣本的采集和制備，整個過程不到10 min;

　　(5)樣本用量少;

　　(6)樣本前處理簡單;

　　(7)特異性和準確性高，例如金黃色葡萄球菌的表型鑒定，Rajakaruna等利用基質輔助激光解吸/電離-飛行時間質譜(SELDI-TOF-MS)技術分析了來自臨床實驗室的95個分離群和39個葡萄球菌群，并利用MicrobeLynx軟件成功的識別了各個種群;

　　(8)高敏感性，例如液相串聯質譜可以檢測到10~100個細菌或20~50個孢子的存在。在對生物樣本進行處理后，甚至可以在單個菌水平發現并確定致病菌，使其在微生物尤其是傳染病病原體鑒定方面具有巨大的優勢。近年來已建立了微生物胞膜蛋白質、脂多糖、核酸等的指紋數據庫，使其檢測更加準確和快速。

　　目前在細菌檢測中應用較多是飛行質譜技術。通過檢測細菌胞膜成分或表達的特異蛋白對細菌進行種群的鑒別，不僅可以識別病原菌，而且有助于發現新的病原菌。此外還有用于病原體的藥物敏感性實驗檢測和真菌檢測研究等。