氣相色譜的分析對象是在校溫下具有一定的揮發性、對熱穩定購物質。因此它只限于分析氣體和沸點低的化合物或揮發性的衍生物。而高效液相色譜由于以液體作為流動相，只要被分析的物質在選用的流動相中有一定的按解度，便可以分析，所以適用性廣，不受樣品揮發性和熱穩定性的限制，特別適合于那些沸點高、極性強、熱穩定性差的化合物，例如，生化物質和藥物、離子型化合物、熱穩定性差的天然產物等。在目前已知的有機化臺物中，只有20%樣品可不經化學處理而能滿意地用氣相色譜分離，80%的有機化合物要用高效液相色譜分析。

     氣相色譜中流動相是惰性的，它對組分沒有作用力，僅起運載作用、而高效液相色譜的流動相不僅起運載作用，而且流動相對組分有一定親合力，可以通過改變流動相種類和組成提高分離的選擇性，另外可作流動相的化合物多，選擇余地廣。與氣相色譜相比，高效液相色譜的另一個優點是樣品的回收比較容易，只要開口容器放在柱子末端，就可以很容易地將所分離的各組分收集。回收是定量的，可以用來提純和制備具有足夠純度的單一物質。高效液相色譜不足的是，檢測器的靈敏度不及氣相色譜。必須特別注意“柱外效應”對柱效率及色譜分離的影響。